La prueba filogenética es un análisis cuya finalidad es poder reconstruir el árbol filogenético de un virus, en lo que nos interesa, del VIH. Este método puede proporcionar información útil sobre la composición genética del VIH transmitido, estableciendo un nexo entre el transmisor y el receptor. Por otro lado, esta prueba también puede establecer la dirección de transmisión del virus, por lo tanto, la fuente puede ser conocida.

En España, si una persona con el VIH transmite el virus a otra podríamos estar ante un delito de lesiones (artículo 149.1 y siguientes del Código Penal). Se penaliza que una persona con el VIH, que tenga conocimiento de su estado serológico, de forma dolosa (con intencionalidad de producir la transmisión) o imprudente, cause una lesión a otra en forma de transmisión de la enfermedad.

No se estaría cometiendo el tipo penal, aunque conste que la persona ha contraído el virus, si no puede determinarse la relación entre el virus de la persona con el VIH (supuesto transmisor) y el de la otra persona (infectada), pues la fuente o la vía de transmisión podría ser otra. Por lo tanto, para demostrar que el VIH del supuesto transmisor y del receptor son el mismo, debe realizarse un análisis filogenético.

Respecto a la obtención del material genético, será una de las pruebas que deba solicitarse que se hagan durante el procedimiento penal, pues la única forma de tener acceso al mismo es con algún fluido del que pueda obtenerse una copia del virus. Asimismo, dicho análisis debe solicitarse como diligencia necesaria para esclarecer los hechos ocurridos en los escritos de acusación o defensa, dependiendo de los casos.